跨境电商最让人头疼的问题之一是海关清关的繁琐程序。在跨境贸易中，涉及到不同国家的海关规定和税费标准，需要提交大量文件和资料，同时可能还会面临着不同程度的商品检验和抽样检测。这些程序不仅费时费力，还可能导致货物滞留或被扣留，给商家带来巨大的经济损失和不确定性。
采购和售后服务的沟通障碍也是跨境电商的难题之一。由于涉及到不同国家和地区的供应商和客户，语言、文化和时区的差异可能会导致信息传递不畅、沟通效率低下。在处理售后问题时，更是需要克服语言障碍和跨文化交流的困难，这不仅增加了运营成本，也给客户体验带来了负面影响。
货物运输的延误和损坏也是跨境电商不可忽视的问题。长途国际运输可能受到天气、交通等各种因素的影响，导致货物延误甚至遗失。此外，货物在运输过程中可能会受到挤压、震动等不可预测的影响，造成货物损坏从而给企业带来不小的损失。针对这些问题，企业需要制定合理的物流方案，并选择可靠的物流合作伙伴，以降低货物运输风险。
另一个跨境电商的挑战是交易支付安全。不同国家和地区的金融制度和支付体系各有不同，跨境支付可能面临着汇率风险、资金监管等问题。此外，国际信用卡支付存在着交易安全性、支付手续费等方面的问题，这些都给商家跨境经营带来了不小的困扰。
最后，跨境电商还需要面对不同国家和地区的法律法规约束。包括但不限于产品质量标准、知识产权保护、消费者权益保护等方面的规定，都需要企业严格遵守。同时，不同国家和地区的税收政策和进出口政策也需要企业进行深入了解和合规运营，以免触碰法律红线导致经营风险。